Название города произошло от старославянского слова «вьно» — дар. Существуют ещё несколько версий, объясняющих название города: «винница» — винокурня, где варились пива винные и Винничка — речка.

Заселены эти земли были ещё в давние времена. На нынешней территории города обнаружены поселения скифских и древнерусских времён. В IX веке здесь селились племена уличей и тиверцев, которые входили в состав Киевской Руси. Со временем этот край отошёл к Галицко-Волынского княжеству. Больше ста лет здесь господствовала Золотая орда. После победы в 1362 армии литовского князя Ольгерда над армией татар, Подолье попало под власть литовского княжества. Племянники князя Ольгерда Фёдор и Константин Корятовичи начали строить на этих землях города-крепости. Среди них была и Винница. Об этом впервые упоминается в документах 1362 года.

В 1860 году в Виннице проживало 10 тыс. жителей, имелось 5 школ, больница, театр, 190 магазинов. Важным стимулом развития Винницы стало строительство в 1870 году вблизи города железной дороги Киев-Балта-Одесса, благодаря которой значительно улучшилось сообщение с Киевом, Одессой, Москвой, Петербургом. За последние 40 лет XIX века Винница выросла в три с половиной раза, а по товарообороту вышла на первое место в Подольской губернии. С 1914 года Винница — административный центр Подольской губернии.

В 1923 году Винница стала центром округа, а с 1932 года является административным центром Винницкой области.